Há muito tempo atrás, no mundo que ainda não era Ninja, um eremita, conhecido como Rikudou Sennin, difundiu as artes ninjas pelas terras, era o início do mundo ninja
Atualmente, o mundo é dividido em seis países, cada qual lutando por sua estabilidade e domínio:
- País do Sol e da Lua: Países Mediano, montado após uma briga famíliar entre os dois Herdeiros do Antigo País da Terra, que fora dividido entre duas nações, o País do Sol e o País da Lua, que estão em constante rixa por crescer seus territórios, recrutando Ninjas para isso
Lideres: Haien(Sol) e Kaien(Lua)
- País da Névoa: País que faz fronteira ao País do Sol, constantemente protegido por uma névoa territórial, por muitas vezes fechado para alguns, mas conhecido por seu lider recluso e fechado, que tomou o poder através de uma revolução apoiada por seu Clã, que era maioria no local, porém após ganhar a Guerra, se fechou para seu clã, fazendo muitos saírem em retirada e voltando a sua vida nomade, embora recluso, ele sempre está com um sorriso no rosto
Lider: Koori Niel
- País do Carvão: Nação desenvolvida e comercialmente aberta, graças a seu terreno favorável, mantém relação amistosa com todos países, e seu líder, um renomado samurai, faz jus a sua liderança sabia e honesta
Lider: Shishio
- País do Vulcão: Absolutamente não se sabe nada sobre esse país fora que seu lider é uma lenda cruel que abate as pessoas e trata a todos com sua rigida disciplina
Lider: Phobos(?)
- País da Areia: País de dificl acesso devido as suas condições climáticas, seu lider está sempre recluso em sua sala e poucas pessoas o conhecem
Lider: ?????
Você entra nessa constante batalha por territórios, fazendo suas missões e lutando ao lado de seus aliados na constante e interminavel batalha entre os seis países, quem terá o controle absoluto do mundo ninja?